Zwiedzanie Kopalni zaczyna się jednak w Szybie Daniłowicza (zgłębiony w latach 1645-1650). Początkowo szyb ten pełnił funkcję wydobywania na powierzchnię soli, od XIX w. używali go urzędnicy i turyści. Szyb dochodzi do VI poziomu Kopalni, czyli ok. 243 m pod ziemią.
Na głębokości 64 m pod ziemią (I poziom kopalni) znajduje się barokowa Kaplica Świętego Antoniego z XVII w. Jest to najstarsza w całości zachowana kaplica wielickiej kopalni.
W Podłużni Kunegunda (64 m pod ziemią, I poziom) można zobaczyć makietę wioski neolitycznej (5500-3500 lat p.n.e.) skonstruowanej na podstawie badań archeologicznych. Prezentuje ona warunki życia ówczesnych ludzi.
65 m pod ziemią (I poziom) mieści się Komora Pieskowa Skała, z 2 połowy XVII w. Górnicy wydobywali z niej sól. Do naszych czasów zachowały się fragmenty schodów wykłutych w bryłach soli w XVII w.
Na głębokości 90. (II poziom wyższy) można podziwiać Poprzecznię Kunegunda. Posiada ona oryginalne drewniane rynny, które służyły do odtransportowywania wycieku podziemnych wód.
91 m pod ziemią (poziom II wyższy) znajduje się Kaplica Świętego Krzyża wzniesiona w jako wotum dziękczynne za uratowanie od wycieku podziemnych wód w 2 połowie XIX w. W centrum Ołtarza mieści się drewniana rzeźba Chrystusa Ukrzyżowanego z XIX w.
Na głębokości 125 m pod ziemią (międzypoziom Kazanów) leży słynna Komora Warszawa z XIX w. Komora ta służy jako miejsce do bankietów, można tam również przeprowadzać konferencje.
Na III poziomie zwiedzania (135 m pod ziemią) znajduje się Muzeum Żup Krakowskich, które jest jednym z największych muzeów górniczych w Europie.
Zwiedzanie kopalni kończy się w Podszybiu Szybu Daniłowicza (III poziom, 135 m pod ziemią) skąd turyści udają się na powierzchnie czteropiętrową windą (każdy poziom po 9 osób), która wznosi się z szybkością 4m/s. Na podszybiu zobaczymy ołtarz Świętej Kingi oraz rzeźby Świętej Klary i Świętego Franciszka.
