Nowy gotycki kościół pod tym samym wezwaniem stanął ok. 1354 r. Niestety na skutek trzęsienia ziemi z 1782 r. budowla została poważnie uszkodzona, dlatego rozebrano ją (pozostała jednak część murów prezbiterium z przyporami, barokowa kaplica Morsztynów z 1693 r. i dzwonnica ufundowana przez króla Jana III Sobieskiego po wiktorii wiedeńskiej ukończona w roku 1699 już po jego śmierci), a na jej fundamentach w latach 1804-1806 wzniesiono nową świątynię w obecnym kształcie. Kościół św. Klemensa został konsekrowany przez biskupa tynieckiego Tomasza Grzegorza Ziglera 4 kwietnia 1825 r. W późniejszym okresie dokonywano zmian w budowli- szczególnie za kadencji proboszcza ks. Zygmunta Goliana w latach 1881-1885 i ks. Henryka Zaremby w latach 1892. Wokół kościoła znajdują się kapliczki i pomniki np. Pomnik Św. Floriana z 1924 r. ufundowany przez Ochotniczą Straż Pożarną, czy Kapliczka Św. Jana Nepomucena wybudowana w latach 1855-1860. W skarbcu i kościelnej bibliotece znajdują się cenne zabytki z XV-XIX w., najdrogocenniejszą z nich jest Monstrancja datowana na rok 1490, a także grupa rzeźb późnogotyckich.
Patron Kościoła czczony jest jako patron wszystkich górników oraz osób pracujących ciężko w kamieniołomach. Św. Klemens poniósł męczeńską śmierć na przełomie I/II w. Wygnany przez cesarza Trajana do Chersonesu do kopalni marmuru, gdzie chrześcijanie cierpieli z braku wody (w cudowny sposób odnalazł tam wodę) i utopiony w morzu z kotwicą u szyi. Wierzymy, że strzeże ludzi w kopalni soli przed zalaniem podziemnymi wodami oraz, że to m.in. dzięki jego wstawiennictwu Wieliczka ocalała w czasie wylewu w Kopalni Soli w 1992 r.
W kościele Św. Klemensa w Wieliczce znajduje się również otwarta dla turystów Kaplica Morsztynów w której możemy zobaczyć najcenniejsze eksponaty z tamtejszego skarbca, które przez długie lata znajdowały się w zamknięciu. Więcej na temat Kaplicy Morsztynów można dowiedzieć się z naszego artykułu znajującego się w
tym miejscu.
